日本ファイリング・エージェント協会は、次の部署を設置する。
Ⅰ 議決機関社員総会、会員総会、理事会
Ⅱ 事務総局
総務委員会、財務委員会、広報委員会、登録委員会
Ⅲ 研究総局(JFAA中央研究所)
総合研究部会
経営改善研究部会
監査研究部会
金商法研究部会
会社法研究部会
経営会計研究部会
労務管理研究部会
資本政策研究部会
事業計画研究部会
コンプライアンス研究部会
ディスクロジャー研究部会
ESG研究部会
リスク管理研究部会
上場審査基準研究部会
行政手続研究部会